Роден е около 876 година в село Скрино, край Дупница. Живял е по времето на княз Борис /852-889 г./ и на неговия син Владимир, на цар Симеон Велики и на Симеоновия син - цар Петър. До 25-годишната си възраст е бил пастир.
Отначало Иван постъпил в близкия манастир "Св. Димитрий" под самия връх Руен. Там той развил своите заложби към духовно съзерцание, получил образование и придобил знания от свещените, богослужебни и религиозни книги. Приел монашеството, но не останал задълго в обителта, а се отдал на живот в пълна самота, молитви, пост и лишения.
Преподобният Иван Рилски се подвизавал на много места, докато най-после се установил в Рилската планинска пустиня, където останал до края на живота си. Там той основал Рилския манастир, който съществува вече 1000 години.
Св. Йоан Чудотворец починал в самота на около 70-годишна възраст, на 18 август 946 година. Погребан бил в притвора на църквата в каменна гробница, запазена и до днес.
След неговата смърт учениците му пренесли с почести тленните му останки от Рилската обител в Средец. През 1183 година мощите са били пренесени в Унгария, но скоро след това отново са върнати в Средец. През 1195 година цар Асен Първи тържествено пренесъл мощите на Свети Иван Рилски в Търново, където останали почти три столетия. През 1469 година реликвата е върната в Рилския манастир.
Източник: в. "Дневник"