Маестрото е роден в градчето Бининген (близо до Базел, Швейцария) на 8 август 1981 година. Негови родители са Роберт Федерер (с швейцарско-немски произход) и южноафриканката Линет Федерер. Роджър има по-голяма сестра – Диана. Той израства в предградие на Базел на име Мюнхенщайн. Родният му език е немски, но от малък говори свободно френски и английски. Името, по собствените му думи, се произнася на английски, т.е. като Роджър, а не на френски като Роже, въпреки че понякога се среща и така.
Роджър Федерер започва да играе тенис на шестгодишна възраст. На девет години започва да посещава групови уроци по тенис, а когато навършва десет и частни. По това време тренира също и футбол, като на тринадесетгодишна възраст решава да се съсредоточи само върху тениса.
През 1995 година, на четиринадесет години, става абсолютен национален шампион на Швейцария във всички юношески възрастови групи. През юли 1996 г. започва да участва в младежките състезания, организирани от Международната тенис федерация. През 1998 г. печели Ориндж Боул до 18 г. (неофициално световно първенство за младежи), побеждавайки на финала Гилермо Кория.
През юни 1998 година Федерер става професионален състезател, присъединявайки се към ATP. Дебютът му като професионалист се състои на турнира в Гщаад, Швейцария. Първата си титла печели на 4 февруари 2001 г. от турнира в Милано, Италия.
През декември 2003 година Федерер основава "Фондация
Роджър Федерер“ (Roger Federer Foundation), която има за цел финансиране на проекти в полза на деца, живеещи в лишения, основно в Република Южна Африка.
От 3 април 2006 г. Федерер е посланик на добра воля на УНИЦЕФ. Неговото първо официално посещение като посланик е на 23 декември 2006 г. в индийския щат Тамил Наду, пострадал от разрушителното цунами на 26 декември 2004 г.
През април 2009 г.
Роджър Федерер се жени за дългогодишната си приятелка и бивша тенисистка Мирослава (Мирка) Вавринец, с която се запознават на летните олимпийски игри в Сидни през 2000 г. Двамата представляват Швейцария на турнира Хопман Къп през 2002 г. През юли 2009 г. се раждат двете им дъщери – близначките Шарлийн Рива и Майла Роуз, а през май 2014 г. двамата им синове – близнаците Лео и Лени.