Забележителните мозайки от Малката базилика били аварийно консервирани скоро след тяхното откриване.

През 1993-1994 г. половината мозайки били прибрани за съхранение от екип на Националния институт за паметниците на културата. Останалата част от мозайките били оставени и консервирани на място.

През 1995 г. Малката базилика и разположената в близост част от крепостна стена получили статут за Паметник на културата от национално значение.

С времето руините от сградата запустели и буренясали.

През 2000 г., археологът Мина Боспачиева и реставраторът Елена Кантарева-Дечева реставрирали част от мозайките съвместно с Центъра за художествена консервация в Уилямстаун, Масачузетс, САЩ и с финансовата подкрепа на Тръста за взаимно разбиране, Ню Йорк.

През 2010 г., с инициативата и финансовата подкрепа на Фондация Америка за България, Министерство на културата и Община Пловдив, започна цялостна консервация и реставрация на мозайките под ръководството на доц. Елена Кантарева-Дечева.

През 2013 г. отделените части от мозайките бяха върнати в Малката базилика, а онези, които са оставени на място, бяха почистени и реставрирани, и сградата се превърна в археологически музей.