Подадените проекти ще се за подават за оценка, приоритизиране , подбор и класираране в Междуведомствения съвет по предварително зададени критерии. Ръководител на Съвета е министърът на финансите, а негови членове са министрите на икономиката и енергетиката, на регионалното развитие, на инвестиционното проектиране, на транспорта, информационните технологии и на съобщенията, на околната среда и водите и председателят на Националното сдружение на общините в България.

Със своята координираща функция областните управители ще подпомагат общините в процеса на изготвяне на проекти и в същото време няма да имат правото да отхвърлят проекти, като по този начин се елиминира възможността за налагане на "сито" по политически съображения по места.

Списъкът на проектите и отговорните за тяхното изпълнение институции, както и съответното финансиране, ще се одобряват с постановление на Министерския съвет. За прозрачното разходване на средствата, предоставени за финансиране на одобрените проекти, ще има наблюдение на тяхното изпълнение и представяне на периодични доклади, както и изготвянето на годишен отчет за напредъка. Прекратяването на финансирането на даден проект също е заложено, като средствата или ще бъдат пренасочвани към следващ в списъка проект или към нов.