През 1993 г. е ръкоположен за йеромонах от Негово Светейшество Българския патриарх и Софийски митрополит Максим. Известно време служи като ефимерий и преподавател в Софийската духовна семинария "Св. Иван Рилски". На 29 юни 1993 г. е възведен в архимандритско достойнство и става протосингел на Софийската Света митрополия. През 2001 г. е хиротонисан в епископски сан с титлата "Знеполски" и изпълнява функциите на викарий на Софийския митрополит Светейшия Български патриарх Максим. 

През 2007 г. година Знеполският епископ Николай е избран за Пловдивски митрополит с убедителна преднина както при епархийския избор в град Пловдив, така и от членовете на Светия синод на Българската православна църква.